Створення восьмилітерних абревіатур із латинських назв видів
- Деталі
- Категорія: Думки в онлайн
- Створено: Неділя, 17 травня 2015, 22:28
- Опубліковано: Неділя, 17 травня 2015, 22:28
- Автор: Strix
- Перегляди: 805
У ході обробки даних чи візуалізації її результатів, замість повних латинських назв видів інколи зручніше користуватися їх абревіатурами. У чудовому пакеті vegan для R, серед купи інших корисних речей, є функція <make.cepnames>, яка призначена для створення восьмилітерних абревіатур із назв видів. Нижче наведений невеличкий скрипт для R, який зчитує латинські назви із csv-файлу, за допомогою згаданої функції створює абревіатури та записує їх у результуючий файл поряд із повними назвами видів.
# активація пакету vegan
library("vegan")
# Зчитування списку видів з csv-файлу
tabNames <- read.table(file.choose(), sep=";", header=TRUE)
Species <- as.vector(tabNames[,1])
# Генерування абревіатур з назв видів
Cepnames <- make.cepnames(tabNames[,1])
# Об’єднання назв видів та їх абревіатур у одну таблицю
tabSpecCepnames <- cbind(Species, Cepnames)
# Вивід результуючої таблиці у файл SpeciesCepnames.csv
write.table(file = "SpeciesCepnames.csv", tabSpecCepnames,
col.names = NA, sep=";")
Приклад csv-файла, який подається на обробку скрипту:
"Species" "Gavia stellata" "Gavia arctica" "Podiceps ruficollis" "Podiceps nigricollis" "Podiceps grisegena" "Podiceps cristatus" "Puffinus puffinus" "Pelecanus crispus" "Pelecanus onocrotalus" "Phalacrocorax carbo"
Приклад результуючого файла SpeciesCepnames.csv:
"";"Species";"Cepnames" "1";"Gavia stellata";"Gavistel" "2";"Gavia arctica";"Gaviarct" "3";"Podiceps ruficollis";"Podirufi" "4";"Podiceps nigricollis";"Podinigr" "5";"Podiceps grisegena";"Podigris" "6";"Podiceps cristatus";"Podicris" "7";"Puffinus puffinus";"Puffpuff" "8";"Pelecanus crispus";"Pelecris" "9";"Pelecanus onocrotalus";"Peleonoc" "10";"Phalacrocorax carbo";"Phalcarb"
Він же відкритий у табличному редакторі:

Це, звичайно, не дуже актуально, коли видів у списку лише десяток-два, але дуже допомагає, коли їх перелік становить зо дві-три сотні чи більше.