Back to Top
  • Біоакустика в R

    Одна із розваг, якою я час від часу займаюся, -- це копирсання у репозиторії CRAN  у пошуках і побіжному знайомстві із усілякими прикладними пакетами, призначеними для біологічних чи екологічних досліджень (так, у науковців бувають дивні, як на пересічну людину розваги; Фейнман он узагалі під час участі у манхеттенському проекті розважався в Лос-Аламосі відкриванням сейфів підбором комбінацій до їхніх кодових замків, але я не про те).

    Останньою моєю знахідкою став пакет seewave, що заточений для біоакустичних досліджень. Його функціонал надзвичайно широкий і, як це взагалі прийнято для пакетів R, добре документований. Обсяг мануалу становить трохи не дві сотні сторінок -- зависнути з розбором наведених у ньому прикладів можна надовго. До речі, вбудованими звуками, які використовуються для прикладів, є голоси саме птахів (Zonotrichia capensis та Vanellus vanellus), та й література, на яку посилаються у довідці, стосується переважно біоакустичних досліджень птахів. Коротше кажучи, як альтернатива усіляким пропрієтарним продуктам для біоакустичних досліджень у орнітології, пакет дуже і дуже файний.

    Ну і із цікавості спробував створити сонограму для одного коліна із пісні соловейка східного, для чого довелося трохи порозбиратися з опціями її побудови, їх там чималенько -- для оформлення результуючого зображення на всі смаки. Результат можна бачити на рисунку нижче (клацнути для перегляду в оригінальному розмірі).

    Сонограма одного з колін пісні соловейка східного, створена у seewave

  • Створення восьмилітерних абревіатур із латинських назв видів

    У ході обробки даних чи візуалізації її результатів, замість повних латинських назв видів інколи зручніше користуватися їх абревіатурами. У чудовому пакеті vegan для R, серед купи інших корисних речей, є функція <make.cepnames>, яка призначена для створення восьмилітерних абревіатур із назв видів. Нижче наведений невеличкий скрипт для R, який зчитує латинські назви із csv-файлу, за допомогою згаданої функції створює абревіатури та записує їх у результуючий файл поряд із повними назвами видів.

  • Ода R

    Від початку самостійних екологічних досліджень мій власний шлях паломництва статистичним софтом простягався від Quatro Pro, який працював під MS DOS, через MS Excel (які, до речі все ж не є статистичним ПЗ) до Statistica. Трохи заглядав до SPSS, хоча і не користувався ним. Коли характер проблем, вивченням яких займаюся, привів мене до широкого використання методів багатовимірної статистики, я дізнався про існування R. Вже користуючись R, дізнався ще й про існування PAST і навіть поглянув у його менюшки, проте не сподобалося.

    І от що я маю сказати з свого досвіду. Справа це звичайно винятково особиста, але якщо ви ведете дослідження давно, специфіка ваших досліджень така, що статистична обробка даних займає чимало часу, і при цьому використовуєте щось на зразок MS Excel/Statistica/SPSS/PAST etc., моя порада -- користуйтеся ними і надалі та не читайте решту повідомлення, бо вона не для вас (так, я знаю, у т.ч. і на своєму досвіді, що таке сформований консерватизм у користуванні тим чи іншим інструментарієм). Решта ж повідомлення адресована для молодших колег та студентів.